Strange Stuff And Funky Things - Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Commentaires2024-03-28T09:29:59+01:00urn:md5:2651b66ee0fa4b51724f5327158f1da1Dotclear[ping] Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Pearltreesurn:md5:a11eda67a7fb38ca1f7c76b1939a88dc2012-05-24T18:14:46+02:002012-05-28T23:45:31+02:00Pearltrees<p><a href="http://www.pearltrees.com/sylvierdoc/divers/id2764699">Divers</a></p> <!-- TB -->
<p>Discover a selection of related articles on Pearltrees...</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - jeanurn:md5:5cb1e0423027fbcf175fa943af703faa2011-09-25T00:03:49+01:002011-09-24T23:03:49+01:00jean<p>Quant à souligner le génie d'Aristote biologiste, Darwin l'a fait (et il est plus crédible que moi). Et l'homme qui a dit que si l'oeil avait une âme, on l'appellerait la vision… Plus j'y pense, plus je réfléchis. Chapeau bas, hommage.</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Nicobolaurn:md5:ddeadce0827295ca2395a672d25086b52011-09-09T13:02:39+01:002011-09-09T12:02:39+01:00Nicobola<p>En parlant de tout ça j'ai trouvé un truc écrit par Olivier Rieppel en commentant la vision de Platnick dans un bouquin (Beyond Cladistics, The Branching of a Paradigm, Wiliam D. M. et Knapp S. 2010) qui pourrait peut-être démêler nos deux visions : "A cladogram potentially has two interpretations. If the nodes in the cladogram are taken to be speciation events, and the internode to be stem species, then, the cladogram is isomorphic with a phylogenetic tree. If the cladogram is taken to represent a hierarchy of relative degrees ot relationships that can also be represented in a Venn diagram (i.e., a system of sets within sets), the the cladogram can be taken as a basis fo classification, Linnaean or otherwise. ". Je trouve cette double vision assez intéressante. Personne entre nous ne nie (je pense) qu'un cladogramme représente les deux. En fait les deux visions sont probablement exclusives en un sens d'où des difficultés qui peuvent apparaître sur la notion d'ancêtre. La cladistique étant une "systématique phylogénétique" il est nécessaire de prendre en compte.</p>
<p>Bon ben puisque j'en ai la permission je me permet de faire un peu de pub pour mon nouveau blog ^^ : <a href="http://fish-dont-exist.blogspot.com/" title="http://fish-dont-exist.blogspot.com/" rel="ugc nofollow">http://fish-dont-exist.blogspot.com...</a></p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:61a7e4c5ac1d1580ab014c027161cdbe2011-09-08T08:35:55+01:002011-09-08T07:35:55+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1870" rel="ugc nofollow">Nicobola</a> : Merci pour tes commentaires, Nicobola!<br />
Donc je te crois pour l'origine du nom taxinomie. Pour le nom de l'espèce, j'ai bien compris le concept de la dénomination binominale: ce que je signifiais (mal) c'est que le nom du taxon 'espèce' est la dernière partie du nom...<br />
Sinon pour la dernière partie de ton commentaire, en fait tu restes dans l'idée qu'un arbre est nécessairement un cladogramme. Ce que je disais c'est que si nous possédions plus d'information, nous pourrions dépasser l'utilisation du cladogramme pour créer un arbre portant ces informations supplémentaires et où les noeuds (ou entrelacs de branches) figurent les évènements de spéciation. L'utilisation des arbres phylogénétiques n'est pas une fin en soi et j'espère qu'on va, un jour, pouvoir les dépasser dans certains cas!</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:96106a5617b15135e0d46a958ae458532011-09-08T08:03:25+01:002011-09-08T07:03:25+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1871" rel="ugc nofollow">Akodostef</a> : Yep, t'as tout compris! Merci pour ton commentaire, je m'y attendais trop pas en fait. C'est gentil de prendre le temps d'écouter les émissions!</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Akodostefurn:md5:87d0995fdd2cd881ae31c901861e01582011-09-07T18:14:12+01:002011-09-07T17:14:12+01:00Akodostef<p>Hé ben c'est plus intéressant que The Tree of Life (le film), cette histoire d'Arbre du vivant ! ^_^</p>
<p>Pour l'instant je n'ai écouté que les podcasts et j'ai lu l'article en diagonale, mais je reviendrai dessus plus tranquillement ; pour des concepts quand même souvent bien ardus à appréhender, je trouve que ta présentation étape par étape est très réussie, et il me semble avoir compris à peu près tout jusque là (de là à dire que je m'en souviendrai, c'est une autre histoire). D'ailleurs, la preuve, j'ai retenu quelques idées phares : "les plantes, ça bouge pas, ça se mange,... on s'en fout" et "Aristote s'est un peu chié dessus dans sa classification"<br />
C'est bien ça ? 8'p</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Nicobolaurn:md5:e0ae99b2a768d3668566b6c301de19052011-09-07T17:27:28+01:002011-09-07T16:27:28+01:00Nicobola<p>Salut !</p>
<p>J'attendais cet article et je le trouve très bon, bien détaillé avec un aspect historique important et précis. Encore une fois félicitations et merci !</p>
<p>Bon mais comme c'est un domaine qui me passionne aussi je ne peux pas m'empêcher de faire quelques remarques. Déjà sur des points très précis et pas importants pour le fond : il me semble que ce n'est pas Linné mais De Candolle qui introduit le terme Taxinomie. Remarque, que ce soit lui ou un autre, le concept lui ne change pas. Une autre remarque pour ton super Membracidae, "Cyrtolobus funkhouseri", ce binôme dans son ensemble est le nom d'espèce, "funkhouseri" n'est pas le nom d'espèce mais une partie du nom d'espèce appelé "épithète spécifique". Le binôme doit être pris comme un mot, certains partisans du phylocode proposent d'ailleurs d'écrire plutôt dans ce cas : "Cyrtolobus.funkhouseri". Ensuite ce n'est pas Willi qui a nommé la systématique phylogénétique mais c'était un sarcasme de Mayr pour taquiner les tenants de cette méthode qui cherchaient seulement des clades comme des monomaniaques. Au passage entre Darwin et Willi, les systématiciens comme Mayr étaient persuadés de respecter l'évolution, on parle même de "systématique évolutionniste". Mayr et Simpson en étaient des tenants importants et darwinistes jusqu'au bout des doigts !</p>
<p>Je voulais juste prendre part à la discussion selon laquelle un ancêtre devrait être au noeud ou pas. En fait il faut distinguer l'ancêtre en tant que groupe (un groupe ancestral par exemple) ou en tant qu'individu. l'ancêtre en tant qu'individu lui a existé. Cependant les noeuds internes d'un cladogramme d'après moi (c'est une vision particulière de la cladistique) ne sont pas des bifurcations entre espèces mais des groupe (classes), des concepts, différents des individus (les noeuds externes). Les branches quand à elles ne sont pas des réseaux généalogiques mais des relations entre ces groupes (relations d'inclusion). Par exemple sur un cladogramme on peut avoir le noeud mammifère ce qui signifie que si ce noeud est un individu cet individu est "mammifère" ce qui pose un problème : tous les descendants de mammifère sont "mammifère" et dans ce cas les primates sont cet individu. Ce qui n'a pas de sens. Le noeud ne peut donc pas être équivalent à un individu et c'est d'après moi la principale raison pour laquelle on ne peut pas placer d'ancêtre au noeud. C'est plus une contrainte logique qu'informative quand bien même évidement un fossile ne peut pas être en pratique identifié comme ancêtre avéré. Pour moi cette façon de voir les choses empêche l'existence de branches terminales nulles (puisqu'on ne peut pas confondre des individus à des classes). Une autre remarque, s'il se trouvait qu'"Homo erectus" était notre ancêtre ou du moins que l'ancêtre d'"Homo sapiens" appartenait à "Homo erectus" alors forcément "Homo erectus" serait une espèce ancestrale puisque définie par des caractères primitifs (dérivés chez "Homo sapiens") et ce serait donc un groupe paraphylétique. Selon cette idée, "Homo erectus" ne serait pas plus valide que "poisson", vu que les ancêtres d'"Homo erectus" sont aussi forcément les ancêtres d'"Homo sapiens". Dans ce cas là soit "Homo erectus" est un concept faux (ça c'est au taxonomiste de le discuter), soit ben "Homo erectus" n'est simplement pas l'ancêtre d'"Homo sapiens". Pour finir, pour chipoter un peu, même si on avait toutes les informations généalogiques on ne pourrait pas mettre d'ancêtre au noeud parceque phylogénie et généalogie sont des choses différentes (même si liées) répondant à des concepts différents. Voilà, j'espère ne pas me faire trop taper sur les doigts avec cette vision ^^</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - thieum66urn:md5:944576e6c1f874418c204e26eeb242db2011-09-05T17:36:22+01:002011-09-05T16:36:22+01:00thieum66<p>Taupo>et tout ça s'entremêle encore plus quand on fait la généalogie de plusieurs gènes! Et vu qu'au fond, nous ne sommes que des sacs de gènes.</p>
<p>Merci pour le lien</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Nicourn:md5:734b97dffa99d55bc8f312c4f3be42642011-09-04T21:37:37+01:002011-09-04T20:37:37+01:00Nico<p>Excellent article, sujet passionnant. Bientôt un article sur Stephen Jay Gould? J'adore ses bouquins, son talent pour vulgariser la science et les concepts d'évolution et de sélection naturelle, et sa lutte contre l'imbecilité de l"intelligent design".</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:06e0b5bd0e81542cfdf8191a871ec6812011-09-04T13:34:38+01:002011-09-04T12:34:38+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1865" rel="ugc nofollow">alain prunier</a> : Merci Alain! (mais c'est Maître de Conf', pas encore Prof... Chaque chose en son temps!)</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - alain prunierurn:md5:144cb5373ce7dc2784d9cb9e416c05382011-09-04T13:08:42+01:002011-09-04T12:08:42+01:00alain prunier<p>Chapeau ! Je suis de plus en plus fier de connaitre et côtoyer le professeur Taupo.</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:720a25678740d3313662454ae0bed6962011-09-04T11:46:45+01:002011-09-04T10:46:45+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1863" rel="ugc nofollow">thieum66</a> : Ouaip, on est sur la même longueur d'onde. A ce propos, je conseille l'excellent article sur Pharyngula à propos de la représentation du lignage du genre Homo:<br />
<a href="http://scienceblogs.com/pharyngula/2010/12/why_there_are_no_missing_links.php" title="http://scienceblogs.com/pharyngula/2010/12/why_there_are_no_missing_links.php" rel="ugc nofollow">http://scienceblogs.com/pharyngula/...</a><br />
P.Z. Myers conseille ainsi de se représenter les relations de parentés en les comparant avec un fleuves aux bras entremêlés, un peu comme dans les généalogies des rois espagnols ou égyptiens avec de nombreux incestes!</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - thieum66urn:md5:da4861e73e41add37e4dab0874093c9c2011-09-03T18:50:54+01:002011-09-03T17:50:54+01:00thieum66<p>C'est effectivement plus clair et je comprends mieux ta justification quand tu disais qu'on ne connait pas Bob l'ancêtre de sapiens et qu'on ne peut donc pas le mettre sur ce foutu t-shirt.<br />
Nous sommes d'accord, les bifurcations de l'arbre ne sont pas de simples dichotomies mais plutôt des réseaux, et une branche représente en fait plusieurs individus donc un entrelac de brindilles .</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:d139773f3c6dd1ca134c04bafe3b99862011-09-03T16:39:30+01:002011-09-03T15:39:30+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1861" rel="ugc nofollow">thieum66</a> : Merci thieum66 pour ton commentaire. Pour l'histoire d'Homo erectus, ce n'est pas si simple que tu décris, et ce sera le cas pour toute espèce dont on a trouvé un fossile. En effet, à l'heure actuelle, les phylogénies ne représentent les espèces fossiles que sur les extrémités des branches. Mais on ne peut pas non plus nier qu'à un moment donné, certains individus de l'espèce Homo erectus (seule espèce du genre Homo ayant peuplé la région dont vraisemblablement provient les premières populations d'Homo sapiens) ont donné une lignée de descendant dont nous avons émergé. Donc si, potentiellement, si on possédait un arbre généalogique complet et total de tous les individus du genre Homo jusqu'à l'émergence de la population d'Homo sapiens, on serait en mesure de trouver des individus appartenant à l'espèce Homo erectus et pourtant qui ont donné la lignée des Homo sapiens. Le problème, hormis le fait qu'on ne possède pas cette information généalogique, c'est que l'espèce Homo erectus s'étale dans l'espace-temps avant et après l'émergence de la population d'Homo sapiens et que donc sitôt émergé, il y a en effet un lien de parenté différent qui se crée entre les descendants appartenant à la population sapiens, et ceux des populations restées erectus. Tu peux faire le même exercice mental avec l'émergence des chiens domestiques à partir d'un petit groupe d'individus de loup gris. Le loup gris et les chiens sont tellement proches qu'ils appartiennent en vérité à la même espèce. Pourtant les différences morphologiques et comportementales sont drastiques.<br />
Bref, tout ça pour dire que dès qu'on approche l'émergence d'une espèce, on se retrouve un peu bloqué puisque nécessairement, ce n'est pas une espèce entière qui se transforme en une autre mais seulement quelques individus dont les descendants vont entamer l'émergence d'une lignée indépendante... C'est pour cette raison qu'on va considérer qu'une espèce partage un ancêtre commun avec la notre mais il ne faut pas oublier qu'à un moment donné, certains représentants de cette espèce ont bel et bien participé directement à notre descendance. Autant dire que si on avait les informations généalogiques sur ces ancêtres, on ne se priverait pas de les placer sur les nœuds des arbres!<br />
Dis-moi si j'ai été assez clair!</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - thieum66urn:md5:b335a46c1dc82524704a2a19661c572d2011-09-03T13:13:20+01:002011-09-03T12:13:20+01:00thieum66<p>intéressant, notamment pour s'apercevoir qu'il faut se lever de bonne heure pour expliquer l'évolution (même avec tout le talent de Taupo). C'est d'ailleurs pour ça que les idées de l'évolution mettent du temps à s'encrer même chez les enseignants de SVT. Mais les choses changent, entre autre grâce au travail de fond fait par des personnes comme G Lecointre (et d'autres).<br />
Par contre Taupo, je ne suis pas d'accord avec toi quand tu dis qu'on ne peux pas mettre Homo erectus comme ancêtre (l'histoire du t-shirt) parce qu'on ne connait pas l'individu qui est l'ancêtre. On ne met pas les espèces fossiles comme ancêtre tout simplement parce qu'elles ne sont pas des ancêtres mais plutôt des espèces (éteintes) ayant un ancêtre commun avec nous. Pour faire plus clair, on ne retrouve pas de fossiles au niveau de la bifurcation entre deux branches du buissons mais sur ces branches elles mêmes.</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:364d5e7f302099aa5197daee7f4ec1842011-09-02T11:50:18+01:002011-09-02T10:50:18+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1855" rel="ugc nofollow">JP COLIN</a> : Merci JP! Ca fait plaisir une reconnaissance de ta part. Et attends, t'as eu une formation avec Guillaume Lecointre! Mais je suis carrément vert de jalousie, là! Si t'as des notes sur cette formation, ça m'intéresse. Et puis, si à la fin du troisième volet, tu sens que je ne suis pas encore tombé juste, on pourrait envisager d'écrire un article complet à 4 mains si ça te tente.</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - JP COLINurn:md5:5ca8012e4d18f909de2c144b4bcf6f8c2011-08-31T18:49:08+01:002011-08-31T17:49:08+01:00JP COLIN<p>Excellent !<br />
J'aime l'aspect historique que tu as développé.</p>
<p>On peut préciser que beaucoup de classifications avait un objectif utilitaire sans distinction clé de détermination / classification. La multiplication des méthodes de classification/détermination arrivant souvent aux mêmes rapprochements, on a conclu à une sorte d'ordre naturel, ordre dont l'origine inconnu fut attribuée à Dieu. D'où le fameux titre de Linnée "systema naturae": système de la nature , sous entendu c'est pas moi, c'est la nature (ce qui est vrai...).</p>
<p>Et merci beaucoup pour les citations ! Ça m'a permis de constater que quelques liens vers des illustrations étaient morts...</p>
<p>@solene:<br />
La génération actuelle de prof de bio n'a jamais eu de cours sur la phylogénétique et doivent néanmoins l'enseigner.<br />
La plupart on été formé à l'ancienne avec des classifications non phylogénétiques, classifications qui sont encore très très souvent employées dans les ouvrages de zoologie et de botanique.</p>
<p>J'ai assisté en tant que prof à une journée de formation sur ce sujet avec G. Lecointre --> ce fut la seule (c'est quand même cours 6H pour ce sujet) et encore l’académie a eu la chance de pouvoir l'organiser...</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - Taupourn:md5:4fbf8356e7aa2c71208d22596b93346a2011-08-31T15:31:48+01:002011-08-31T14:31:48+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2011/08/31/Podcast-Science%3A-L-arbre-du-vivant-2/3#c1853" rel="ugc nofollow">solene</a> : Il faudrait qu'ils prennent un stage de SSAFT attitude! Merci pour le soutien en tout cas, c'est ça qui me permet de continuer!</p>Podcast Science: L'arbre du vivant 2/3 - soleneurn:md5:61a83d88aea6ab91fb5b22d87c4a6d032011-08-31T13:54:10+01:002011-08-31T12:54:10+01:00solene<p>Quel plaisir de retrouver le blog un peu plus fourni.<br />
Et ce sujet est absolument passionnant!<br />
Je m'interroge quand même sur la formation de nos profs de bio: aucun ne m'a jamais expliqué les choses comme ça, et pourtant c'est plus clair...</p>