Strange Stuff And Funky Things - Mot-clé - Porifera - Commentaires2024-03-28T19:49:58+01:00urn:md5:2651b66ee0fa4b51724f5327158f1da1DotclearDe notre relation avec Bob l'Eponge - taupourn:md5:2837f83bd8dc38289c9f97217267a4882018-12-17T11:41:36+01:002018-12-17T11:46:22+01:00taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/?post/2013/12/13/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge#c65182" rel="ugc nofollow">Blisax</a> : Je suis de prêt cette affaire et j'en avais fait justement une chronique sur "La Méthode Scientifique" : <a href="https://www.franceculture.fr/emissions/la-methode-scientifique/la-methode-scientifique-vendredi-5-janvier-2018" rel="ugc nofollow">https://www.franceculture.fr/emissions/la-methode-scientifique/la-methode-scientifique-vendredi-5-janvier-2018</a><br />
Je dirais que la balance penche fortement vers les éponges, mais on sent que le consensus scientifique est encore loin d'être atteint. Une décennie encore peut être ;-)</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Blisaxurn:md5:d2c6786d742223ee893611b9f9c214d52018-12-17T09:25:36+01:002018-12-17T11:41:12+01:00Blisax<p>Super article ! Comme souvent mais celui là est particulièrement sympa !</p>
<p>J'aurais aimé savoir si quelques années plus tard, le consensus à évolué ?<br />
Je suis notamment tombé sur ce papier : Genomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals (2015)</p>
<p>Il semble apporter des éléments pour revenir à la "phylogénie traditionnelle" mais j'ignore quel à été son impact dans le domaine... Alors aujourd'hui, on en est où ? Les deux hypothèses sont considérés comme également vraisemblable ou l'une a la préférence des chercheurs ?</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Patrick Laurentiurn:md5:0e82eccfd13a35cac6779d19f81ab9272013-12-17T13:08:57+01:002013-12-17T13:08:57+01:00Patrick Laurenti<p>Comme vous les gars, quand une équipe sort des preuves qui vont dans le sens de leur hypothèse favorite il vaut mieux attendre ce qu'en disent leurs concurrents directs avant de se faire une religion. Mais comme signalé par Nicobola dans son magnifique commentaire, à part pour les spécialistes les implications phylogénétiques sont minimes : deux noeuds baladeurs dans la phylogénie des métazoaires c'est pas la mort. En gros, si on accepte que les cténaires sont des bilatériens, soit les cnidaires ont connu la perte d'une la symétrie bilatérale ancestrale, soit leur symétrie radiaire est ancestrale. En revanche, et toujours pour soutenir la pensée de Nicobola, c'est vraiment frustrant que tout le monde se foute de la phylogénie interne des cténaires.</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Taupourn:md5:84803fa9510c2bfa8b00eb87f6fca33a2013-12-16T17:12:25+01:002013-12-16T17:12:25+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/index.php?post/2013/12/13/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge#c5998" rel="ugc nofollow">Vran</a> : Franchement, je ne suis pas aussi certain que toi que le Philippe 2014 renversera la vapeur (wishful thinking?).<br />
C'est clair que de toutes façons, cet article est une ouverture vers un nombre incalculable de considérations évolutives, quoi qu'en soit la position des cténaires parmi les métazoaires, et ça c'est cool! T'inquiète, on oublie pas les cnidaires --> Tu nous ponds un article bientôt? Tu te rappelles, Mi casa es su casa!</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Taupourn:md5:04a7ccb0e25d68516df5f8a91960174b2013-12-16T17:07:35+01:002013-12-16T17:07:35+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/index.php?post/2013/12/13/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge#c5997" rel="ugc nofollow">Nicobola</a> : Ma réponse ça va être, oui, tu as raison. On ne peut que attendre. On ne pouvait aussi que s'attendre à ce genre de résultats. Cependant les hypothèses dans l'article étaient bien exposées, la portée des résultats mesurée. Moi j'attends d'une part que l'équipe d'Hervé Philippe épluche les analyses, et que d'autres génomes soient ajoutées à l'analyse (il y a plus de génomes d'éponges et de cnidaires séquencées en fait, pourquoi ne pas les avoir ajoutées? mystère...)<br />
En ce qui concerne les synapomorphies, il ne faut pas négliger les moléculaires qui sont détaillées dans l'article. A chaque lignée son lot de gènes spécifiques. En puis je pense que les synapomorphies anatomiques sont au coin de la rue, il suffit d'éplucher les manuels zoologiques à l'envers...</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Taupourn:md5:59892c62b91f2e4cd440c15f424a604d2013-12-16T17:01:29+01:002013-12-16T17:01:29+01:00Taupo<p>@<a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/index.php?post/2013/12/13/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge#c5995" rel="ugc nofollow">Fran</a> : Tu peux pas savoir à quel point ton commentaire me fait plaisir!</p>[ping] De notre relation avec Bob l'Eponge - Anonymous blogurn:md5:09302b479e73dafd5da4b76892cd9dc92013-12-14T18:41:44+01:002013-12-14T18:41:44+01:00Anonymous blog<p><a href="http://www.scoop.it/t/c-fe-des-sciences/p/4012694618/2013/12/14/de-notre-relation-avec-bob-l-eponge">De notre relation avec Bob l’Eponge | C@f...</a></p> <!-- TB -->
<p>(…)</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Vranurn:md5:14e33280213c5a276763cc17b823b37a2013-12-14T15:55:12+01:002013-12-14T15:55:12+01:00Vran<p>Plutôt d'accord avec Nicobola, moi aussi je pouvais prédire la tronche de l'arbre rien qu'en regardant la liste des auteurs. Quand le Philippe millésime 2014 ou 2015 arrivera, les cténaires retourneront une énième fois auprès des eumétazoaires. On a encore du temps devant nous avant de savoir si c'est la saison du lapin ou du canard.<br />
Après, la bonne nouvelle de ce papier c'est qu'on a enfin le génome d'un cténaire, ce qui devrait en principe ouvrir la porte à des travaux un peu cools.<br />
Quand aux implications sur des sujets plus développementaux comme l'émergence du mésoderme et les plans d'organisation, y'a effectivement des trucs intéressants à discuter mais il ne faut pas non plus oublier les cnidaires qui ont encore quelques tours dans leur sac. Notamment la symétrie qui n'est pas toujours si radiaire que ça.</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Nicobolaurn:md5:cffc86b2d4bd54d4199f49d7349b92032013-12-13T18:43:16+01:002013-12-13T18:43:16+01:00Nicobola<p>Héhé, tu devais t'attendre à un commentaire. Et ça va être long :p Puis vu que c'est un sujet qui me tient à cœur je risque de m'emporter un peu, je m’en excuse d’avance ;)</p>
<p>Je tiens à commencer en disant qu’après avoir lu l’article, je me prépare un peu plus à accepter un jour que les cténophores puissent être groupe frère des autres animaux. Je n’en suis pas encore là mais ça me fait chier :p Cependant, rien qu’en regardant la liste des auteurs du papier, je pouvais prédire la topologie de l’arbre… Si c’était Hervé Philippe dans les co-auteurs, j'ai une idée de quelle alternative aurait été proposée ^^ Au moins les résultats sont reproductibles… Dans une même communauté ! Bref… C’est quand même un bon papier :)</p>
<p>Premier point, la phylogénie interne des cténaires qu’ils obtiennent avec leurs trois taxons ne colle pas avec ce qui a été déjà trouvé mais soit, tout le monde s’en fou des relations entre cténaires (oui je râle pour rien là, c’était le sujet de mon master, c’est pour la forme ^^) :p</p>
<p>Les bootstraps ont tous 100% dans la phylogénie des génomes… On sait que plus le jeu de donnée est grand, plus la valeur de bootstrap augmente, pas moyen de critiquer cet arbre vu les indices qu’ils donnent…</p>
<p>Pour rebondir sur ton article, y’a deux points qui me font réagir: si 150 gènes n’est pas assez, c’est soit qu’on ne sait pas traiter les données, soit qu’il n’y a pas d’information phylogénétique dans 150 gènes, soit que l’idée de phylogénie ne marche pas. Personnellement, je penche pour la première solution (et si les cténaires sont vraiment groupe frère des animaux, je considérerai la troisième :p ). Le problème c’est qu’historiquement ça se répète : avènement de la cladistique : « on va tout résoudre ! ». Parcimonie informatisée « la cladistique à la main c’est pourri, on va tout résoudre ». Moléculaire à un gène… Même blabla. Phylogénie à plusieurs gènes, puis phylogénomique et maintenant génomes complets. A chaque fois c’est la même chose, on s’emporte trop. Par contre il faut bien mettre quelque chose dans les bouquins, c’est un autre problème…</p>
<p>Bon, après tout, ça semble un message pessimiste, et on l’entend par rapport à la phylogénomique. Mais entre les cténaires groupe frère des autres animaux ou des cnidaires, d’un point de vue purement topologique dans l’arbre, c’est un déplacement de deux ou trois nœuds, c’est pas grand-chose. D’un point de vue zoologique par contre y’a un gouffre. Ca montre quand même qu’on approche d’un consensus.</p>
<p>L’autre truc qui me chiffonne c’est de reprocher à l’ancienne vue d’être une marche au progrès (forcément, je me défend, j’adhère a l’ancienne vision pour l’instant :p ). Déjà dès qu’on pense en arbre, il n'y a plus de marche au progrès, quelque soit la topologie. Ensuite, cette vision est progressive si on se concentre sur l’évolution des bilatériens eux même. Si on commence à parler de caractères d’éponges ou de cnidaires seulement, ça le sera aussi, quelque soit la topologie, mais d’un point de vue porifocentrique ou cnidairocentrique ;) cf l’article que j’ai écrit et que je te remercie de citer (ça fait plaisir :) ).</p>
<p>L’ancienne vision au moins a le mérite de proposer des synapomorphies. Sérieusement, il n’y en a aucune sur cet arbre : <a href="http://ssaft.com/Blog/dotclear/public/Windows-Live-Writer/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge_12613/animal-tree.jpg" title="http://ssaft.com/Blog/dotclear/public/Windows-Live-Writer/De-notre-relation-avec-Bob-lEponge_12613/animal-tree.jpg" rel="ugc nofollow">http://ssaft.com/Blog/dotclear/publ...</a> . Bien sûr ça viendra mais pour l’instant, l’évolution des métazoaires avec cette nouvelle vision est basée principalement (seulement ?) sur de l’homoplasie. Ce qui pose un certain problème si on veut parler de monophylie. Or c’est ce qu’un arbre devrait expliquer…</p>
<p>Je m’arrête là, je ne veux pas plomber le serveur. J’espère ne pas avoir eu l’air agressif, c’est l’effet de l’enthousiasme de la discussion qui fait ça (principal sujet au labo aujourd’hui). L’article original est très bon, et le tien aussi (comme à ton habitude). On peut toujours en discuter plus amplement si tu veux :)</p>De notre relation avec Bob l'Eponge - Franurn:md5:e78759a8654964ed18bd21ce2a60bd5b2013-12-13T16:23:45+01:002013-12-13T16:23:45+01:00Fran<p>toujours au top et j'ai tout compris ; c'est cool pour un vendredi !</p>