Strange Stuff And Funky Things

Et voilà, l'émission annoncée la semaine dernière, l'interview du Pr. Selosse sur les chimères, est en ligne sur Podcast Science:

Pour vous aider à suivre, voici tout d'abord les questions que j'avais préparées en amont de l'interview:

Paradoxalement, la notion d’espèce semble très intuitive (Les chats donnent des chats, les chiens donnent des chiens). Mais si on tente de donner une définition de ce qu’est une espèce, on se heurte à de nombreux problèmes. Est-ce que vous pouvez nous expliquer le problème de la (des) définition(s) de l’espèce?

Dans le cadre de ces définitions, comment naissent les espèces?

Vous dites que la reproduction n’a pas pour but d’assurer la pérennité de l’espèce. C’est pourtant ce qu’on nous apprend à l’école. Pouvez-vous développer?

Récemment, Scott Gilbert, un célèbre Professeur américain de Biologie Evolutive du Développement, a répété dans divers séminaires que la notion d’individu était, à l’instar de celle de l’espèce, une représentation approximative du réel. Il prenait comme exemple le fait que 90% des cellules d’un “individu” humain sont d’origine bactérienne. Quel est votre point de vue sur ce nouveau bouleversement de nos définitions?

Scott Gilbert voudrait notamment troquer le concept d’individu avec le concept d’“Holobionte” censé représenter un animal ou une plante ainsi que les communautés microbiennes qui persistent à l’intérieur (comme un écosystème). Est-ce que cette notion est compatible avec le concept d’espèce?

On parle parfois de chimères dans la nature. De quoi s’agit-il? Quelles sont les différentes manières d’obtenir une chimère?

En quoi les mécanismes de l’hybridation bouleversent notre conception de ce qu’est une espèce?

Quand on parle d’hybridation, on évoque souvent la polyploidisation, c’est quoi?

Est-ce qu’il y a différents types de polyploidisation? Pourquoi est-ce un mécanisme spécifique des eucaryotes (la lignée du vivant dont les cellules ont un noyau)?

Y-a-t-il une raison qui explique que les polyploïdisations sont plus courantes chez les plantes que les autres eucaryotes?

Jouer avec le nombre des chromosomes, on se dit que ce ne doit pas être très bon pour l’organisme. Qu’est-ce qui fait que certains organismes arrivent à supporter ce “traumatisme chromosomique”?

Comment fait-on pour révéler des évènements de polyploïdisation qui ont eu lieu par le passé? Est-ce que cela est déjà arrivé chez les animaux?

Est-ce que l’hybridation peut finalement consister en une stratégie évolutive? La résultante, c’est la naissance d’une nouvelle espèce?

On représente souvent l’évolution comme un mécanisme lent et progressif, avec notamment une sélection progressive de mutations conférant des adaptations. Est-ce que l’évolution par hybridation, ce n’est pas plutôt une évolution par sauts adaptatifs?

On a compris que l’un des écueils de la notion classique d’espèces concerne le mode de reproduction assez particulier des bactéries. Comment les bactéries se reproduisent et comment est-ce différent de la reproduction des eucaryotes (en particulier les animaux)?

Une autre manière de mélanger des génomes d’espèces différentes, c’est par le transfert de gènes: le transfert horizontal. Pourquoi parle-t-on de transfert horizontal?

Quels sont donc les mécanismes à l’origine du transfert horizontal? Quels sont les organismes chez qui on peut avoir du transfert horizontal?

Est-ce qu’il y a des barrières au transfert horizontal, une sorte de défense des génomes contre l’intrusion de gènes étrangers? Si un animal mange des plantes, des bactéries ou d’autres animaux, est-ce qu’il peut y avoir transfert horizontal?

Comment fait-on pour révéler des transferts horizontaux entre espèces?

Un troisième type de chimères entre espèces, c’est l’endosymbiose: de quoi s’agit-il au juste?

Est-ce que c’est fréquent l’endosymbiose?

Est-ce que l’endosymbiose implique systématiquement des eucaryotes et des bactéries?

Quand on retrouve des fragments de virus dans nos génomes, est-ce qu’on considère qu’il s’agit d’endosymbiose?

Quels sont les mécanismes à l’origine de l’endosymbiose? On imagine que des interactions entre espèces sont nécessaires pour réaliser l’endosymbiose (commensalisme, parasitisme, symbiose, etc.): est-ce qu’un type d’interaction est plus efficace qu’un autre pour établir de l’endosymbiose?

Est-ce qu’il peut y avoir des transferts horizontaux après endosymbiose? Est-ce que d’ailleurs l’endosymbiose facilite les transferts horizontaux?

Encore une fois, comment font les chercheurs pour révéler qu’il y a eu endosymbiose?

Avec tous ces mécanismes de chimérisation, est-ce que cela revient à dire que toutes les espèces sont chimériques? N’existe-t-il pas des espèces non chimériques?

Quand il y a chimérisation, est-ce que cela entraîne l’émergence de nouveaux gènes ou est-ce qu’il s’agit plutôt juste d’un brassage de gènes au sein du vivant? S’agit-il d’une contribution à l’innovation évolutive?

Est-ce que l’évolution par chimérisation ce n’est pas aussi un peu la réhabilitation du concept d’hérédité des caractères acquis?

Quand on parle de chimères et symbiose, on voit souvent revenir l'exemple du lichen, pourquoi ? C'est quoi au juste un lichen ?

En quoi les mécanismes de chimérisation qu’on voit dans le vivant (endosymbiose, hybridation, transferts horizontaux) posent problème pour établir les relations de parenté entre espèces?

Comment répondre à l’auditeur alors? Où place-t-on le haricot à gènes de limace dans l’arbre du vivant?

Pensez-vous que la représentation des arbres phylogénétiques est obsolète? Peut-on lui substituer une autre représentation?

Si les espèces sont chimériques, quel code peut-on utiliser pour les définir? Est-ce que l’utilisation d’autres codes que l’espèce peut permettre de mieux comprendre le vivant?

Votre travail de recherche se focalise sur les interactions mycorhiziennes: qu'est ce que c'est, et où est le rapport avec votre intérêt pour les chimères ?

On voit dans votre bibliographie plusieurs articles parus dans le trufficulteur français. Quel est le rapport en votre domaine de recherche et les truffes?

Les truffes finalement, c’est quoi? En termes de parenté, c’est plus proche de quel organisme dans l’arbre du vivant?

Observation anecdotique: j’ai l’impression qu’il y a de plus en plus de restaurants qui proposent des plats aux truffes. Est-ce que ce serait lié à des avancées technologiques pour la culture ou la collecte de truffe?

Vous couplez votre activité de recherche par de l'enseignement mais aussi beaucoup d'initiatives de vulgarisation : qu'est ce qui vous pousse à les réaliser?

Je vous ai vu pour la première fois lors d'un congrès de l'AFPSVT où vous aviez été convié en tant d'intervenant. Que pensez-vous de l'enseignement de la biologie et de l'évolution en France? Quels sont les acquis et quels sont les problèmes?

Quels sont vos conseils de lectures ou visionnages pour en apprendre plus sur les chimères ou vos divers domaines de recherches?

Et voici maintenant les illustrations produites en live par Puyo:





 
Pour préparer l'interview, je me suis essentiellement concentré sur la bibliographie de vulgarisation de Marc-André Selosse puis de son intervention auprès de l'AFPSVT qui, fort heureusement, a été captée en vidéo:

Et il y a également les liens suivants trouvés sur les blogs du C@fé des Sciences:
Au sujet des Mitochondries (Dossier ADN Mitochondrial, Alan - Science Etonnante, Muséum du Havre)
Mon dossier pour Podcast Science sur l'arbre du vivant (1, 2 et 3) et celui répondant à la question : “L’évolution est-elle une Science?”

En conclusion, pour moi, préparer cette interview fut une expérience extrêmement enrichissante et j'espère que son écoute vous procurera  au moins autant de plaisir que j'ai trouvé en me plongeant dans les sujets évoqués. Bonne écoute!